СФ БашГУ занимает пятое место среди всех высших образовательных организаций Башкортостана. Филиал опередил некоторые самостоятельные уфимские вузы по результатам мониторинга Министерства образования и науки РФ за 2017 год. При этом головной вуз БашГУ по республике - третий и входит в сотню наиболее эффективных вузов России, занимая 98 место рейтинга среди 1290 высших образовательных организаций России и их филиалов.
Оценка произведена программно-методическим комплексом LiftUp, принадлежащим Национальному фонду поддержки инноваций в сфере образования совместно с НИИ мониторинга качества образования, на основе официальных данных Главного информационно-вычислительного центра (ГИВЦ) Министерства образования и науки Российской Федерации.
В исследовании анализировался комплекс показателей, отражающих образовательную, научно-исследовательскую, международную, финансово-экономическую деятельность вузов, уровень трудоустройства выпускников, величину заработной платы сотрудников и др.